Phần 2 tiếp tục hành trình sinh tồn của nhóm hành khách trên hòn đảo bí ẩn. Nhóm chính phát hiện một căn hầm thuộc dự án Dharma Initiative, nơi chứa hệ thống bấm nút định kỳ để ngăn chặn điều gì đó chưa rõ ràng. Trong khi đó, nhóm hành khách ở phần đuôi máy bay bị nhóm "The Others" tấn công nhưng cuối cùng hợp nhất với nhóm chính để đối phó với mối đe dọa chung. Những mâu thuẫn và bí mật cá nhân giữa các nhân vật dẫn đến các xung đột nội bộ, trong khi mối nguy từ "The Others" và các hiện tượng kỳ lạ trên đảo ngày càng tăng. Tâm điểm của phần này là căn hầm, nơi các nhân vật phải quyết định có tiếp tục bấm nút hay không, dẫn đến nhiều sự kiện bất ngờ và căng thẳng. Kết thúc phần 2, những bí mật lớn hơn về hòn đảo và "The Others" dần được hé lộ, đẩy câu chuyện sang một hướng phức tạp và kịch tính hơn, đặt nhóm sống sót vào những thử thách mới.